Việc xây một hệ thống Chính phủ điện tử hiệu quả, an ninh mạng trở thành vấn đề chính cần được xem xét. Những rủi ro chính trị về bảo mật thông tin trong chính phủ điện tử được xem là nghiêm trọng hơn nhiều so với những sự bảo mật thông thường của người dân hay khu vực tư nhân[13]. Do chính phủ điện tử nắm giữ phần lớn các thông tin cá nhân.
Mục tiêu của sự bảo mật thông tin:
Những cá nhân hay tổ chức có quyền hoặc được ủy quyền thì mới được phép truy cập những thông tin để đảm bảo việc giữ bí mật
Tính toàn vẹn: Bảo vệ tính chính xác và đầy đủ của thông tin. Cụ thể là, đảm bảo các hệ thống và dữ liệu không bị giả mạo và các thực thể (cho dù là cá nhân, phần cứng hoặc phần mềm) có thể được xác thực là bản gốc và chính hãng.
Đảm bảo tính khả dụng nghĩa là người dùng được ủy quyền họ có quyền truy cập vào thông tin và tài sản liên quan khi được yêu cầu.
Dịch vụ bảo mật của chính phủ điện tử:
Dịch vụ bảo mật xác thực: Đối với thông tin và dịch vụ có độ nhạy cảm cao, điều kiện tiên quyết là đảm bảo tất cả quyền truy cập được ủy quyền. Cần có những yêu cầu cao trong việc xác thực danh tính người truy cập như yêu cầu xác thực đa yếu tố, gõ phím khi đăng nhập mã xác thực (USB, Smart card,...) để đảm bảo cao hơn về danh tính được yêu cầu.[13] Tuy nhiên thách thức của dịch vụ này tốn kém chi phí và khó quản lý hơn.
Dịch vụ bảo mật kiểm soát truy cập: Các hệ thống chính phủ điện tử cần đảm bảo đúng người có quyền truy cập vào thông tin phù hợp mà không để rò rỉ thông tin cho những người không được ủy quyền.
